La comunidad de Santo Domingo de Palenque fue fundada en las cercanías de la zona arqueológica por el Siglo XVII. Sin embargo hacia finales de este el sitio fue reconocido como vestigio de una gran ciudad. En 1974 cuando Don Ramón de Ordoñez y Aguilar visitó el sitio y reportó al Capitán General de Guatemala, se realizó una segunda visita al año siguiente determinándose que las ruinas eran de alto interés por lo que dos años después el explorador y arquitecto Antonio Bernasconi fue enviado para detallar el lugar, se hizo acompañar por un contingente militar encabezado por el Coronel Antonio del Río. Cuando exploraban la ciudad abandonada, las tropas derrumbaron varios muros para poder acceder al interior de las construcciones, produciendo un daño considerable a las mismas. A pesar de ello y a partir del trabajo de los especialistas es que se ha tenido un mejor conocimiento del sitio, sus habitantes, su cultura y su participación como centro político en una región amplia del área maya.