La complejidad interna de esta ciudad y su particular desarrollo arquitectónico, caracterizado por las aplicaciones y modelos en estuco y la elaboración de bajorrelieves en piedras, la colocan como un sitio diferente al resto de sus contemporáneos en el área maya.

Los trabajos de exploración e investigación arqueológica realizados como parte del Proyecto Especial han permitido rescatar parte del asentamiento original de la ciudad.

La Gran Plaza, sin duda el corazón de la antigua Palenque, estaba delimitada al norte por el Templo de las Inscripciones y la plataforma que sustenta los templos XIII, XII y el de la Calavera; al este por el Palacio, al oeste por el Templo XI, y al sur por una escalinata que da acceso a la Gran Plaza. La Plaza del Sol, sobre la cual se construyeron entre 600 y 700 años d.C. templos, plataformas, basamentos y estructuras tipo palacio, tiene al norte el Templo de la Cruz, quizá el más intensamente explorado y excavado. Aquí fue descubierta la colección de portaincensarios de arcilla más grande --cerca de cien--, con una profusa y elaborada ornamentación cuyo motivo principal es un gran mascarón antropomorfo identificado como el rostro del Dios Solar, buena parte de estos objetos se pueden apreciar en el museo de sitio. También fueron descubiertas diez tumbas; la más interesante de ellas, la 4 del Clásico Tardío, contenía una rica ofrenda conformada por 530 piezas de jade, tres cuchillos de pedernal y diez fragmentos de concha nácar.

En el templo del Sol, uno de los edificios mejor conservados, las excavaciones revelaron dos épocas constructivas. El Templo XV, edificado entre 750 y 800 años d.C. guardaba en su habitación central los restos de una tumba perteneciente a un personaje que pudo ocupar un alto cargo en la sociedad. A pesar de que esta tumba fue saqueada a fines del siglo XIX, fue posible recuperar piezas de jade, concha nácar y múltiples objetos trabajados en hueso y concha, además de platos y cajetes de cerámica que conservan aún su decoración original.